内部自治原則とは、組織の内部ルールを、出資者 （組合員）同士の合意により決定できることです。これには、２つのメリットがあります。

損益分配が自由

LLPでは、組合員の出資割合に関係なく、利益の分配や損失の負担を決めることができます。
例えば、二人で１，０００万円出資して、LLPを設立したとします。

• Ａさん　出資金１００万円　資金はないが、高度な技術を持っている
• ​Ｂさん　出資金９００万円　資金は豊富だが、技術は無い

Ａさんの持つ高度な技術力のおかげで、5000万円の利益が出ました。では、この利益を、どのような割合で配当することになるでしょうか？

株式会社では・・・
出資金額の比率に応じて配当金を受け取るため、Ａさん（１／１０）　５００万円、Ｂさん（９／１０）　４５００万円となります。Ａさんがいくら技術を提供して会社に多大な貢献をしたとしても、出資した金額が少なければ、金銭的に報わないという問題点があります。 

有限責任事業組合（LLP）では・・・
出資金額の比率に関係なく利益配分の割合を自由に決めることができます。Ａさんの技術力による貢献度合いが非常に高い場合は、利益配当の割合を、Ａさん：Ｂさん＝９：１とすることも可能です。

柔軟な意思決定が可能
事業の方向性を決める組織の意思決定方法も、株式会社とLLPの場合とでは異なります。

　株式会社では・・・
株主の議決権は出資金額に応じて配分されていますので、上記の例でいえば、議決権の９０％を持つ　Ｂさんが会社の意思決定を行うことになります。出資比率の低いＡさんの意見は会社運営に反映されにくいといえます。

有限責任事業組合（LLP）では・・・
出資金額に関係なく意思決定の方法を自由に定めることができますので、出資比率の低いＡさんのアイデアや意見を事業運営に反映させることが十分可能です。

このように、内部自治の原則により、事業をする上でのニーズに応じた柔軟な組織運営が可能となります。